Univerzita FUNDEPOS byla vyvinuta v Kostarice jako výsledek tří historických vzdělávacích akcí v oblasti ekonomických věd. První z nich s příchodem National University v roce 1983 se sídlem v San Diegu v Kalifornii v USA, která zavedla první profesionální magisterský program v oboru Business Administration v zemi.
Druhý historický okamžik nastal v roce 1993, kdy byl tento program z hlediska jeho správy převeden na Kostarickou univerzitu (UCR). Za tímto účelem byla vytvořena Nadace pro postgraduální studia a výzkum v ekonomických vědách (FUNDEPOS).