Dne 12. ledna 1806 přeměnil Ferdinand III. Z Bourbonu, král Neapole a obojí Sicílie, Akademii studií Panormite na univerzitu a udělil jí pravomoc vydávat tituly z teologie, medicíny, práva a filozofie: dobytí města čekali po staletí. . V 15. století ve skutečnosti (ale možná již o dvě století dříve) existovalo v Palermu františkánské studio, kde se vyučuje teologie, Písmo svaté, kanonické právo a filozofie, a General Studio, otevřené také laikům, jejichž kurzy vám umožní dosáhnout promoce na jiných univerzitách. V roce 1550 byly tyto dvě skutečnosti přemoženy zrodem jezuitské koleje, která měla v současné době dobýt roli absolutního protagonismu, a v impozantním Collegio Massimo, dnes sídlem regionální knihovny.,
Dne 1. prosince 1767 byli jezuité vyhnáni z bourbonských království Neapole a Sicílie a veškerý jejich majetek, včetně knihoven, byl zkonfiskován královskou mocí. 31. července 1778 král pověřil delegaci úkolem reorganizace ateliéru v Palermu a vedle „učení slov“ byla představena „učení věcí“, konkrétně geometrie, ekonomie, zemědělství. a obchod. Budoucí univerzita byla v zárodku.
S příchodem Garibaldiho v roce 1860 a připojením Sicílie k savojskému království se univerzita stala zcela sekulární, teologická fakulta byla uzavřena a byla zřízena škola pro inženýry a architekty. Univerzita se stává místem živých politických debat a intenzivní účasti na životě města, regionu, země. Se svými zuby je protagonistou plodného období umělecké, architektonické a literární produkce, které prošlo po Sicílii mezi koncem 19. století a začátkem 20. století; přispívá k městské transformaci města a se svými absolventy k formování vládnoucí třídy ostrova a významné části politické třídy, která by zemi vládla.
Po druhé světové válce, která způsobila obrovské ztráty personálu a vážné poškození struktur, se univerzitě podařilo vzpamatovat i přes omezené ekonomické zdroje a sociální dezorientaci. Od té doby začíná fáze hluboké transformace reagovat na rostoucí potřebu univerzitního školení a slavné osobnosti vědeckého světa provádějí své aktivity v rámci University Of Palermo : od Giuseppe Piazzi, který objevil první asteroid v roce 1801, až po chemika Stanislao Cannizzaro, který rozhodujícím způsobem přispívá k modernímu atomovému systému, Emilio Segrè, nositel Nobelovy ceny za fyziku v roce 1959.