Magistr v bioinformatice a výpočetní biologii

Master of Science v bioinformatice a výpočetní biologii je interdisciplinární program nabízený společně katedrami matematických věd a biologických věd, přičemž první slouží jako správní jednotka. Kombinací kurzů z oborů biologie, informatiky, matematiky a statistiky odpovídá rostoucí poptávce po novém druhu vědců, kteří mají odborné znalosti ve všech těchto oborech. Kromě kurzů poskytuje program také příležitosti k získání praktických zkušeností zapojením do výzkumu s členy fakulty.

Program nabízí výběr ze dvou skladeb. Jeden je určen pro studenty s obecným základem v přírodovědných / technických oborech, zatímco druhý je určen pro studenty se základem v biologických vědách. K vybudování dalších odborných znalostí nabízejí obě tratě výběr ze tří volitelných skupin, jmenovitě volitelných skupin zaměřených na informatiku, statistiku a biologii. Oba také nabízejí příležitosti pro výzkum. Od studentů se očekává, že si po konzultaci s postgraduálním poradcem programu vyberou skladbu a volitelnou skupinu na základě jejich pozadí a zájmů.

Požadavky na titul

Program MS v bioinformatice a výpočetní biologii vyžaduje absolvování alespoň 36 semestrálních kreditních hodin. Program nabízí výběr ze dvou skladeb. Stopa 1 je určena pro studenty se všeobecným zázemím v oblasti vědy a techniky, zatímco Stopa 2 je určena pro studenty se silným zázemím v biologii. K vybudování dalších odborných znalostí nabízejí obě tratě výběr ze tří volitelných skupin, jmenovitě volitelných skupin orientovaných na informatiku, statistiku a biologii. Oba také nabízejí příležitosti pro výzkum. Od studentů se očekává, že si po konzultaci s postgraduálním poradcem programu vyberou skladbu a volitelnou skupinu na základě jejich pozadí a zájmů.

Dráha 1 (MS)

I. Jádro: 15 semestrálních kreditních hodin

• BMEN 6374 Geny, proteiny a buněčná biologie pro inženýry
• Témata BIOL 6V00 v biologických vědách (výpočetní molekulární evoluce)
• CS 5303 Informatika I
• MATH 5303 Pokročilý počet a lineární algebra
• STAT 5351 Pravděpodobnost a statistika I (pro volitelnou skupinu 2)
• nebo STAT 5353 Pravděpodobnost a statistika pro datovou vědu a bioinformatiku (pro volitelné skupiny 1 a 3)

II. Volitelné skupiny (Vyberte jednu volitelnou skupinu)

Volitelná skupina 1 (orientovaná na informatiku): 15 semestrálních kreditních hodin

• Analýza algoritmu CS 5343 a datové struktury 1
• MATH 6312 Combinatorics a teorie grafů
• MATH 6341 Bioinformatika
  • nebo BIOL 5376 Applied Bioinformatics
  • MATH 6346 Lékařská analýza obrazu
  • A jeden z následujících:
  • CS 6307 Úvod do správy a analýzy velkých dat pro majitele jiných společností než CS
  • CS 6314 Web Programovací jazyky
  • Návrh databáze CS 6360
  • Strojové učení CS 6375

Volitelná skupina 2 (orientovaná na statistiku): 18 semestrálních kreditních hodin

• STAT 5352 Pravděpodobnost a statistika II
• STAT 6337 Pokročilé statistické metody I
• STAT 6338 Pokročilé statistické metody II
• STAT 6340 Statistické a strojové učení
• MATH 6341 Bioinformatika
  • nebo BIOL 5376 Applied Bioinformatics
  • MATH 6346 Lékařská analýza obrazu

Volitelná skupina 3 (zaměřená na biologii): 15 semestrálních kreditních hodin

• MATH 6341 Bioinformatika
  • nebo BIOL 5376 Applied Bioinformatics
  • MATH 6345 Matematické metody v medicíně a biologii
  • MATH 6346 Lékařská analýza obrazu
  • A dva z následujících:
  • BIOL 5375 Geny k genům
  • BIOL 5381 Genomika
  • BIOL 6315 Epigenetika
  • BIOL 6373 Proteomika
  • Výpočetní biologie BIOL 6385
    • nebo BMEN 6389 Computational Biology
    • nebo MATH 6343 Computational Biology

III. Výzkum nebo volitelné předměty nebo jejich kombinace

• Volitelná skupina 1: 6 semestrálních kreditních hodin
• Volitelná skupina 2: 3 semestrální kreditní hodiny
• Volitelná skupina 3: 6 semestrálních kreditních hodin

Dráha 2 (MS)

I. Jádro: 14 semestrálních kreditních hodin

• BIOL 5410 Biochemistry
• BIOL 5420 Molekulární biologie
• STAT 5351 Pravděpodobnost a statistika I (pro volitelnou skupinu 2)
  • nebo STAT 5353 Pravděpodobnost a statistika pro datovou vědu a bioinformatiku (pro volitelné skupiny 1 a 3)
  • MATH 5303 Pokročilý počet a lineární algebra

II. Volitelné skupiny (Vyberte jednu volitelnou skupinu)

Volitelná skupina 1 (orientovaná na informatiku): 18 semestrálních kreditních hodin

• CS 5303 Informatika I
• Analýza algoritmu CS 5343 a datové struktury *
• MATH 6312 Combinatorics a teorie grafů
• MATH 6341 Bioinformatika
  • nebo BIOL 5376 Applied Bioinformatics
  • MATH 6346 Lékařská analýza obrazu
  • A jeden z následujících:
  • CS 6307 Úvod do správy a analýzy velkých dat pro majitele jiných společností než CS
  • CS 6314 Web Programovací jazyky
  • Návrh databáze CS 6360
  • Strojové učení CS 6375

Volitelná skupina 2 (orientovaná na statistiku): kreditní hodiny 18 semestru

• STAT 5352 Pravděpodobnost a statistika II
• STAT 6337 Pokročilé statistické metody I
• STAT 6338 Pokročilé statistické metody II
• STAT 6340 Statistické a strojové učení
• MATH 6341 Bioinformatika
  • nebo BIOL 5376 Applied Bioinformatics
  • MATH 6346 Lékařská analýza obrazu

Volitelná skupina 3 (zaměřená na biologii): Kreditní hodiny minimálně 18 semestrů

• MATH 6341 Bioinformatika
  • nebo BIOL 5376 Applied Bioinformatics
  • MATH 6346 Lékařská analýza obrazu
  • MATH 6345 Matematické metody v medicíně a biologii
  • A dva z následujících:
  • BIOL 5375 Geny k genům
  • BIOL 5381 Genomika
  • BIOL 6315 Epigenetika
  • BIOL 6373 Proteomika
  • Výpočetní biologie BIOL 6385
    • nebo BMEN 6389 Computational Biology
    • nebo MATH 6343 Computational Biology
    • Témata BIOL 6V00 v biologických vědách (výpočetní molekulární evoluce)
    • Témata BIOL 6V00 v biologických vědách (Úvod do programování pro biologické vědy)

III. Výzkum nebo volitelné předměty nebo jejich kombinace

• Všechny volitelné skupiny: 4 semestrální kreditní hodiny

Další požadavky

• Pro Ph.D. je vyžadován vázaný student na katedře biologických věd, BIOL 5440 Cell Biology a BIOL 5460 Quantitative Biology (nebo ekvivalent). Tento požadavek lze splnit absolvováním těchto kurzů jako „volitelných předmětů“ v programu Bioinformatika a výpočetní biologie.
• Volitelné předměty musí být schváleny postgraduálním poradcem programu.
• Nahrazení požadovaných kurzů lze provést, pokud to schválí postgraduální poradce programu a vedoucí katedry matematických věd.
• Student se může rozhodnout napsat diplomovou práci pod vedením člena fakulty. Projekt diplomové práce může v souladu s politikou univerzity počítat 3 až 6 semestrálních kreditů volitelných na požadovaných 36 hodin. Práce musí být schválena vedoucím katedry matematických věd. Jakmile je projekt diplomové práce dokončen, musí jej student úspěšně obhájit před svou komisí.

*Studenti, kteří nepřijali CS 5333 Diskrétní struktury, předpoklad pro CS 5343 Analýza algoritmů a datové struktury, by se měli poradit se svým absolventským poradcem z matematiky

Jak je uvedeno v nedávném článku v časopise Science.

"Dnes se pracovní vyhlídky v oblasti výpočetní biologie - známé také jako bioinformatika - zdají být silné a zdá se, že rostou, podporovány farmaceutickým a biotechnologickým průmyslem, který se snaží využít výhod genomických dat a zahájit novou éru objevování léčiv."

Navíc řekl současný ředitel NIH Francis Collins

"Kdybych byl studentem vyššího nebo prvního ročníku se zájmem o biologii, migroval bych co nejrychleji do oblasti výpočetní biologie ... Existuje obrovské množství vysoce kvalitních dat, které jsou přístupné každému, kdo má schopnosti najděte nugety pravdy, které se v těchto informacích skrývají. “

Od absolventů programu se očekává, že budou pokračovat v doktorském programu v příbuzném oboru nebo budou hledat zaměstnání v biofarmaceutickém a biotechnologickém průmyslu, výzkumných laboratořích, nemocnicích a softwarových společnostech.

Oddělení věd k určení způsobilosti.